客观地说，虽然优点巨多，佛教理论仍然有种种缺点。这些缺点在古代中国、现代中国很难被察觉。因为中国人在先天理论上并不高明，但在宗教文化极度发达的印度，却会最终显露。
譬如说：
一、佛学是出世间理论。认为世间充满了痛苦，一切事物都是不值得留恋的。人们只有出世，才能寻找到获得精神解脱的方法。这在大多数人看来自然十分消极。佛家过于关注来生、而忽视今生，没有改造这个社会的绝大意愿和勇气。往往把人所遭受的各种痛苦统统认做是因果报应。许多信佛者都缺乏是非观念和社会责任感。
二、回避政治，疏远政治。的确有重内轻外、耽空滞寂之弊。干涉政治时，也无非是对政治领袖劝善。谈不上制度建设、制度保障。致令有“蔽于天而不知人”之讥。虔诚信仰佛教的国家和子民，基本上都缺乏阳刚之气，牺牲精神，无法团结起来面对邪恶势力、社会不公。
三、用缘起否定创造。事实上自然与创造各司其职，相辅相成。就像建造一座园林。
四、否定人有不灭的灵魂。后人不得不用阿赖耶识弥补裂痕。
五、没有正确解释人类的起源，生物的起源。（认为人是天人的后代）对世界历史的解释也不够准确。
六、“非暴力”的信条根植于佛教思想中。这种无条件反暴力的社会纲领在它伊斯兰教面前缺乏起码的自卫能力，只能灭亡。而印度教群众却用此起彼伏的起义迫使穆斯林统治者放宽了宗教政策。（当然，印度教与伊斯兰教亦在一神论上一致）
七、佛教最致命的缺陷：是否定有上帝存在。不承认神创造世界，控制世界，导致许多人把佛教看成是无神论的宗教，是以神为敌的。这也造成佛教高僧在七世纪对商羯罗的辩论中一败涂地。佛对世界的所有权和管理权相当勉强。而造物主是宇宙的主人，自然可以有权力支配任何神灵，任何空间，任何星球，一切凡人和所有灵魂。
几百年后，在佛教内部，出现了与印度教非常类似的派别——密宗。密教认为大乘佛教与小乘佛教都是佛陀的方便说法，并不是释迦牟尼佛的真实本意。传给芸芸众生的只是方便法。历史上的释迦牟尼佛，在密乘看来也只是法身佛的应化身而已。
密教把上帝称为大日如来，或者普贤王如来。认为，宇宙就是上帝的能量展现。这等于又把上帝从后门请了回来，使人再度与上帝和好。但这样做毕竟有些名不正言不顺。比较缺乏依据，显得有点偷偷摸摸，鬼鬼祟祟的。所以，至今大小乘佛教也不认可。
上帝的存在毋庸置疑，他的人格化显现毋庸置疑。（上帝万能，完全可以随心所欲地显现。）估计随着密教的普传，其他正教的普传，佛教会在若干年后，回归纯粹的有神论宗教模式。
正如某网友所说：佛教否定了《吠陀》和印度的种种理论，也沒有能够收編释尊后出现的其他经典如两大史诗和《梵伽梵歌》等。这就从根本上斩断了自己的树根，与传统的印度渐行渐远，最终导致了悲剧发生。
——最后佛教不得不撤出印度，栖身于文化不发达的东南亚和无神论盛行的东亚各国。（在伊斯兰教徒入侵之前佛教已经衰微。）
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